Nouvelles

Sep 10, 2023

Évolution intra-hôte séquentielle et transmission ultérieure du SRAS

Volume Communication Nature

Nature Communications volume 14, Numéro d'article : 3235 (2023) Citer cet article

3 Altmétrique

Détails des métriques

Des infections persistantes au coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère ont été signalées chez des personnes immunodéprimées et des personnes sous traitements immunomodulateurs. Bien que l'évolution intra-hôte ait été documentée, il manque des preuves directes d'une transmission ultérieure et d'une adaptation progressive continue. Nous décrivons ici des infections SRAS-CoV-2 persistantes séquentielles chez trois individus qui ont conduit à l'émergence, à la transmission vers l'avant et à l'évolution continue d'une nouvelle sous-lignée Omicron, BA.1.23, sur une période de huit mois. Le variant BA.1.23 initialement transmis encodait sept substitutions d'acides aminés supplémentaires dans la protéine de pointe (E96D, R346T, L455W, K458M, A484V, H681R, A688V) et présentait une résistance substantielle à la neutralisation par les sérums de BA boosté et/ou Omicron.1 - participants à l'étude infectés. La réplication continue ultérieure de BA.1.23 a entraîné des substitutions supplémentaires dans la protéine de pointe (S254F, N448S, F456L, M458K, F981L, S982L) ainsi que dans cinq autres protéines virales. Nos résultats démontrent non seulement que la lignée Omicron BA.1 peut diverger davantage de son génome déjà exceptionnellement muté, mais également que les patients atteints d'infections persistantes peuvent transmettre ces variantes virales. Ainsi, il existe un besoin urgent de mettre en œuvre des stratégies pour prévenir la réplication prolongée du SRAS-CoV-2 et pour limiter la propagation de nouveaux variants résistants à la neutralisation chez les patients vulnérables.

Le paysage génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) a été façonné par l'émergence de variants antigéniquement divers préoccupants (VOC)1. Ces variants viraux portent des mutations qui les rendent plus transmissibles, plus fusogènes et/ou permettent d'échapper non seulement à l'infection mais aussi à l'immunité induite par le vaccin2,3,4. Certaines variantes comme les COV d'Omicron, qui ont balayé le globe à partir de novembre 2021, présentent également une résistance partielle ou totale aux traitements monoclonaux thérapeutiques ou prophylactiques5. Au cours des 14 derniers mois, des sous-lignées Omicron avec un nombre croissant de mutations dans la pointe ont continué à émerger (par exemple, BA.2, BA.4/5, XBB.1, XBB.1.5), posant de grands défis à l'endiguement du SRAS- Propagation du CoV-2. Cela a fourni la justification de la formulation de vaccins de rappel bivalents contre le SRAS-CoV-2 qui incluent un pic Omicron BA.1 ou BA.5 en plus du pic ancestral.

La plupart des patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) éliminent le virus lors de la résolution de l'infection aiguë. Cependant, la réplication en cours du SRAS-CoV-2 a été documentée dans un sous-ensemble d'individus immunodéprimés. Dans ces cas d'infection chronique, une récupération du virus infectieux sur plusieurs mois et une acquisition progressive de mutations dans le pic ont été observées, indiquant une sélection positive6,7,8,9,10,11,12,13. On a émis l'hypothèse que l'évolution virale intra-hôte prolongée a joué un rôle dans l'émergence de plusieurs COV du SRAS-CoV-2 tels que Alpha et Omicron14,15, mais des preuves claires de transmissions directes de variants mutés à partir de cas d'infection chronique font défaut.

Nous décrivons ici un cas primaire d'infection persistante par SARS-CoV-2 Omicron BA.1 marquée par l'évolution intra-hôte d'une variante (Omicron BA.1.23) codant pour sept substitutions d'acides aminés supplémentaires dans la protéine de pointe Omicron BA.1 déjà antigéniquement distincte, et qui a entraîné au moins cinq autres cas d'infection par Omicron BA.1.23. Des infections persistantes documentées dans deux de ces cas (l'une d'une durée de quatre semaines, l'autre de plus de quatre mois) étaient associées à une évolution continue de BA.1.23 et à l'acquisition de mutations supplémentaires à l'intérieur et à l'extérieur du pic. Bien que les variantes qui ont évolué dans les cas infectés de manière persistante au cours de la période cumulée de huit mois révèlent des constellations uniques de mutations dans chacune, elles indiquent également fortement une évolution virale convergente avec d'autres lignées SARS-CoV-2 co-circulantes. Notamment, la plupart des changements d'acides aminés se sont produits à des positions connues pour conférer soit un échappement immunitaire16,17, soit une fusogénicité virale altérée18,19,20. Certaines des mutations d'échappement de BA.1.23 sont également apparues dans les lignées Omicron ultérieures telles que BA.2.75.2. Dans l'ensemble, nos résultats indiquent que la réplication virale persistante dans le contexte de réponses immunitaires sous-optimales est un moteur important de la diversification du SRAS-CoV-2.

Nous avons effectué une analyse génomique d'échantillons nasopharyngés (NP) et de narines antérieures (AN) prélevés en série chez un patient immunodéprimé (P1) atteint d'un lymphome diffus à cellules B et d'une réplication persistante du SARS-CoV-2 Omicron BA.1 entre décembre 2021 et mars 2022. Sur une période de 12 semaines, nous avons documenté l'accumulation de neuf substitutions d'acides aminés dans le domaine N-terminal (NTD) de la protéine de pointe, le domaine de liaison au récepteur (RBD) et dans le site de clivage de la furine S1/S2 (FCS) (Fig. 1) au sein d'un même patient. Les quatre premières mutations R346T, K458M, E484V et A688V ont été détectées simultanément 40 jours après le diagnostic initial du SRAS-CoV-2 et ont été corrigées. Deux semaines plus tard (jour 64), L167T et la mutation FCS P681Y ont été détectés en plus des quatre mutations initiales. Au cours des semaines suivantes, des mutations supplémentaires sont apparues ; les échantillons de cette période contenaient des mutations de signature partagées (L455W) ainsi que distinctes (E96D au jour 72, S477D au jour 81). Notamment, seules deux mutations sont apparues en dehors du gène de pointe (Fig. 1 supplémentaire, P1), suggérant une sélection intra-hôte positive des modifications de la protéine de pointe en raison des avantages compétitifs de la réplication. Le taux de substitution du SRAS-CoV-2 a varié tout au long de l'infection ; après une période initiale de trois semaines sans modification de la séquence consensus, il y a eu une accumulation rapide des substitutions entre la semaine 4 et la semaine 12. En moyenne, une substitution par semaine a été observée pendant cette période, correspondant à un rythme de 52 substitutions/an – environ deux fois plus élevé que la moyenne mondiale de 26 à 27 substitutions/an21,22.

Alignement de séquences multiples du gène de la pointe du SRAS-CoV-2 indiquant l'apparition de variants nucléotidiques simples (SNV) dans la séquence consensus du gène de la pointe dans des échantillons séquentiels obtenus à partir du cas index (Patient 1, P1). Les nouveaux SNV relatifs à la souche ancestrale BA.1 sont indiqués en rouge et étiquetés au bas de la figure. Les étiquettes en gras indiquent les mutations de signature observées dans plusieurs spécimens. Les changements de consensus dans BA.1 par rapport à la souche Wuhan-1 sont indiqués en bleu.

La surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à l'échelle du système de santé de fond menée par le programme de surveillance des agents pathogènes du mont Sinaï (MS-PSP) au cours de la même période a identifié trois autres patients porteurs de variants d'Omicron du SRAS-CoV-2 qui partageaient la même combinaison d'acides aminés de pointe substitutions acides trouvées dans le cas index P1 (E96D, R346T, L455W, K458M, E484V, H681R, A688V), ainsi que la mutation synonyme T6001C. Une requête de plus de 13,8 millions de séquences mondiales du SARS-CoV-2 déposées dans la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) jusqu'en novembre 2022 n'a révélé que deux génomes apparentés supplémentaires, tous deux originaires de la région de NYC (Fig. 2, les données source sont fournies sous la forme d'un fichier de données source). Sur la base des métadonnées fournies, ces deux génomes ont été obtenus à partir d'individus distincts qui différaient par l'âge et le sexe de nos patients. Au total, la présence de la même combinaison unique de mutations dans cinq cas supplémentaires indique une transmission directe locale limitée de ce nouveau sous-variant d'Omicron, qui a reçu la désignation de lignée BA.1.23 Pango (Fig. 2, Tableau 1).

un sous-arbre phylogénétique à vraisemblance maximale (ML) avec les séquences du SRAS-CoV-2 (BA.1) du cas d'infection persistante P1 (rouge) et des transmissions ultérieures (P2, P3, P4 en cyan, jaune et vert respectivement), dans un fond global de séquences disponibles dans GISAID. Les branches sont colorées pour identifier chaque patient. Le nombre de jours après le premier échantillon positif au SARS-CoV-2 de P1 est indiqué entre parenthèses. Les clusters frères sont réduits pour une visualisation plus facile. L'axe des abscisses montre le nombre de substitutions de nucléotides par rapport à la racine de l'arbre phylogénétique. Les valeurs de prise en charge du bootstrap supérieures à 70 % sont affichées pour les branches non réduites. La sous-variante BA.1 distincte qui a été transmise a été désignée comme la lignée PANGO BA.1.23. L'encart en bas à droite montre une phylogénie ML à l'échelle temporelle et les estimations pour le temps des ancêtres les plus récents (TMRCA) et les intervalles de confiance à 95 %, pour les nœuds où les transmissions du cas index sont positionnées. b Fréquence des variants mononucléotidiques (SNV) et des substitutions d'acides aminés pour les positions génomiques du SRAS-CoV-2 avec des changements consensuels par rapport aux ancêtres Wuhan-1 et Omicron BA.1. Les positions avec des nucléotides mixtes en dessous des niveaux de consensus sont également indiquées pour les SNV intra-hôte (miSNV) vus à plus d'un moment. Les spécimens séquencés sont présentés séquentiellement pour P1 avec une infection prolongée de BA.1 et des cas de transmission de BA.1.23 (P2, P3 et P4). Les génomes viraux de P1 montrent une accumulation progressive de mutations dans le domaine N-terminal (NTD), le domaine de liaison au récepteur (RBD) et le site de clivage de la furine S1/S2 (FCS) ; La même constellation de mutations a ensuite été détectée dans trois cas de transmission documentés (P2, P3 et P4). Le nombre de jours depuis le premier test positif en P1 est indiqué à gauche, avec le nombre de jours après le premier test positif pour chaque patient entre parenthèses. Les positions avec des SNV non synonymes sont marquées par des cercles pleins. Le type de spécimen est indiqué à droite par des cercles ouverts (narines antérieures) ou des losanges pleins (nasopharynx). Les positions sont numérotées selon la séquence du génome de référence NC_045512.2. Les flèches à gauche indiquent la fenêtre probable de transmission du patient index entre les jours 64 et 72. Les données source sont fournies dans le fichier Source Data.

Tous les cas de transmission contenaient un changement synonyme dans ORF1a (T6001C) précédemment observé uniquement au jour 72 dans le cas index (Fig. 1 supplémentaire). Cela a réduit la fenêtre temporelle de la première transmission à une période de 18 jours après le jour 64, deux mois après le premier test positif au SRAS-CoV-2 du patient P1. Pendant ce temps, les patients P2 et P4 ont été admis dans la même unité que P1 pendant 10 et 18 jours, respectivement. Suite à un transfert, P4 a également chevauché pendant deux jours avec P3 dans une autre unité. Bien que cela ait fourni une opportunité potentielle de contact direct ou indirect, il est important de noter que P3 et P4 n'ont été testés pour le SRAS-CoV-2 que trois semaines plus tard, lorsqu'ils se sont révélés positifs. Aucune information de contact n'était disponible pour les deux cas identifiés en dehors de notre système de santé. En février 2023, le cas le plus récent a été détecté à la mi-avril 2022 et le dernier échantillon positif au SRAS-CoV-2 d'un cas de transmission directe (P3) a été prélevé en septembre 2022. Bien que l'isolement viral ait échoué pour les échantillons disponibles à partir de P1, nous avons cultivé avec succès le SRAS-CoV-2 à partir des échantillons positifs initiaux des cas suivants (P2-P4), confirmant la transmission du virus capable de se répliquer.

Les trois transmissions directes dans notre système de santé ont été détectées chez des patients atteints d'hémopathies malignes sous-jacentes. Bien que le patient P2 ait éliminé l'infection BA.1.23, les patients P3 et P4 ont tous deux développé des infections persistantes (Figs. 2 et 3a). Le MS-PSP a poursuivi le suivi de ces patients lors des visites de suivi et des hospitalisations. Le patient P4 est resté positif aux tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) pendant quatre semaines, avec l'acquisition d'une mutation supplémentaire dans le pic RBD (S:V445A) dans la semaine suivant le test positif initial (Figs. 2 et 3a). Le patient P3 a développé une infection persistante beaucoup plus longue qui a duré plus de quatre mois. L'analyse génomique des 13 échantillons prélevés en série sur le patient P3 a identifié plusieurs nouvelles substitutions d'acides aminés dans tout le génome viral (Fig. 2b et Fig. 1 supplémentaire). L'échantillon le plus divergent (c'est-à-dire le plus grand nombre de mutations) prélevé 131 jours après l'apparition du COVID-19 du patient P3 contenait 11 substitutions d'acides aminés supplémentaires par rapport à la variante BA.1.23 transmise à l'origine. Celles-ci comprenaient six substitutions dans le pic NTD (S254F), RBD (N448S, F456L, réversion de 458 M en K) et S2 (réversion de 981 L en F, S982L) ; ainsi que cinq substitutions dans d'autres protéines SARS-CoV-2 (ORF1a nsp3 : T1001/183I, K1795/977Q, ORF1ab nsp12 : S4398/6 L, G5063/671 S ; et ORF7a : T39I/T24I). Notamment, deux réversions d'acides aminés de pointe vers la séquence Wuhan-1 (S: M458K) ou BA.1 (S: F981L) ont été accompagnées de changements aux positions voisines (S: F456L et S: S982L) (Fig. 2b et Fig supplémentaire . 1). Fait intéressant, dans les trois échantillons d'écouvillon suivants (jours 144, 154 et 165), le nombre de substitutions d'acides aminés a diminué par rapport à l'échantillon prélevé au jour 131, avec des retournements et des réversions récurrents entre les échantillons, suggérant la présence de quasi-espèces concurrentes.

a La chronologie du test d'amplification des acides nucléiques (NAAT) des patients infectés par BA.1.23 positifs (croix rouges) ou négatifs (cercles bleus ouverts) pour le SRAS-CoV-2 (en haut). Les valeurs de seuil de cycle cible (Ct) du gène N pour les échantillons respiratoires, pour différentes méthodes de diagnostic, sont indiquées (panneau inférieur). Le panel NAAT ne comprend que les points de données des tests positifs qui ont rapporté une valeur Ct. b Nombre de substitutions de nucléotides dans la séquence consensus par rapport à Omicron BA.1 dans les échantillons séquencés. c Niveaux d'anticorps IgG liant les pointes SARS-CoV-2 pour P1–P4. Les taux d'anticorps sont indiqués en unités arbitraires par ml (unités Arb./mL). Les administrations de vaccin documentées sont indiquées. d Chronologie des traitements antiviraux SARS-CoV-2 reçus par P1–P4. La durée du traitement est indiquée par la longueur de la barre. Données source fournies dans le fichier Source Data.

Pour approfondir cette question, nous avons recherché des positions avec des variants de nucléotide unique intra-hôte (iSNV) qui n'étaient présents que dans une minorité de la population virale du SRAS-CoV-2 au sein de chaque échantillon (appelés miSNV). Nous avons identifié des miSNV à l'intérieur ou à l'extérieur du gène de pointe dans chacun des trois cas d'infection persistante (P1, P3 et P4) avec plusieurs cas dans lesquels des miSNV étaient présents dans des échantillons antérieurs, avant leur fixation dans des échantillons ultérieurs du même patient (Fig. 2b et figures supplémentaires 1, 2). Nous avons également observé de nombreuses positions avec des miSNV qui persistaient sur plusieurs spécimens séquentiels sans jamais devenir dominants. Cela était particulièrement notable pour le patient P3, où le nombre de positions avec des miSNV est passé de 0 à 32 entre les jours 101 et 266, dépassant les changements de séquence consensus d'un facteur trois (Fig. 2b et Fig. 3 supplémentaire). Environ la moitié de ces mutations se sont produites dans le gène de pointe, où les miSNV non synonymes ont été regroupés dans le S1 (NTD : S254F, RBD : K356T, S371F, P384L, F456L, K458M et FCS : N679K) et S2 (D936Y, V963F, N978D, L981F, S982L, E1195G) (Fig. 2b et Fig. 4 supplémentaire). Les mutations à ces positions sont rares au niveau du consensus, avec une prévalence maximale de 0,1 % dans la base de données GISAID [au 2022-09-10]. Bien que nous n'ayons trouvé aucune preuve claire de compartimentation des miSNV par source d'échantillon chez les patients, il y avait une diminution notable des miSNV et une augmentation des mutations consensus dans l'échantillon AN prélevé sur le patient P3 au jour 131, par rapport aux échantillons NP antérieurs et ultérieurs. Ainsi, l'adaptation intra-hôte se produit avec différentes dynamiques indiquant des goulots d'étranglement et des pressions de sélection concurrentes, entraînant l'apparition et la disparition de mutations spécifiques.

Pour examiner un rôle potentiel de la recombinaison dans la diversification de BA.1.23, nous avons utilisé RIPPLES23 pour évaluer le placement phylogénétique des segments du génome des génotypes consensus les plus divergents de BA.1.23 au sein de la diversité mondiale du SRAS-CoV-2. Nous avons en outre demandé si les modèles miSNV observés étaient présents dans les lignées contemporaines en utilisant covSPECTRUM24 et en considérant tous les modèles dans une fenêtre glissante de 3 miSNV consécutifs. Aucune des deux analyses n'a fourni de preuves de recombinaison, fournissant un soutien supplémentaire à la diversification par l'accumulation de mutations au cours de l'évolution intra-hôte.

Pour déterminer l'impact potentiel des traitements antiviraux contre le SRAS-CoV-2 sur l'évolution intra-hôte, nous avons examiné les antécédents médicamenteux des patients P1 (index), P2, P3 et P4 (Fig. 3, les données sources sont fournies sous forme de fichier Source Data). Nous avons également évalué les niveaux d'anticorps de liaison au pic SARS-CoV-2 à l'aide des données sérologiques disponibles issues des tests cliniques. Le patient index P1 a été vacciné au moment de son admission avec deux doses d'un vaccin non précisé administrées six mois et une semaine avant l'hospitalisation (Fig. 3c). Une troisième dose de vaccin a été administrée deux jours après l'admission. Les traitements antiviraux supplémentaires contre le SRAS-CoV-2 comprenaient une cure de remdesivir les jours 1 à 6 et une dose de Gamunex IgG le jour 9 (Fig. 3D). Des titres modérés d'anticorps de liaison au pic SARS-CoV-2 ont été détectés au jour 38, à peu près au moment où les premières mutations intra-hôte ont été trouvées (Figs. 2b et 3b). Ces titres d'anticorps pourraient être dus à des anticorps résiduels du traitement Gamunex IgG, à une réponse immunitaire à la vaccination et/ou à une infection, ou à une combinaison de traitement et de réponse de l'hôte. Notamment, la détection des trois premières mutations de pointe a suivi une augmentation rapide du virus détecté dans la sécrétion nasale (les seuils moyens du cycle TAAN (Ct) ont diminué de 35 au jour 30 à 28 au jour 40), suggérant un goulot d'étranglement de sélection potentiel à cette époque ( figures 3a et 3c).

Le patient P2 a reçu quatre doses de vaccin à ARNm Moderna, dont trois au moins quatre mois avant leur premier test SARS-CoV-2 positif et avaient des titres élevés d'anticorps SARS-CoV-2 lorsqu'ils ont été testés trois mois avant leur seul SARS-CoV positif -2 TAAN (Fig. 3c). Ce patient a également reçu une cure d'un mois de nirmatrelvir/ritonavir (Paxlovid™) (Fig. 3d). La combinaison de niveaux élevés d'anticorps IgG liant les pointes et d'un traitement antiviral peut expliquer pourquoi ce patient a réussi à éliminer l'infection BA.1.23.

Le patient P3 a également été vacciné avec deux doses de vaccin à ARNm Pfizer au moins cinq mois avant son premier test positif et a reçu un traitement de trois semaines de nirmatrelvir/ritonavir (Paxlovid™). Cependant, aucun anticorps IgG de liaison au pic SARS-CoV-2 n'a été détecté au cours des quatre premiers mois de l'infection persistante (Fig. 3c). Notamment, pendant cette période, nous n'avons pas non plus détecté de nouvelles substitutions dans le virus BA.1.23, malgré des indications de réplication virale active basées sur des valeurs NAAT Ct constamment faibles (moins de 25) dans les échantillons NP et AN (Fig. 3a). La réplication active de BA.1.23 a été confirmée par l'isolement du SRAS-CoV-2 compétent pour la réplication à partir de cinq échantillons prélevés entre les jours d'étude 101 à 147. L'apparition de nouvelles substitutions intra-hôtes au cours du dernier mois d'infection persistante s'est produite au moment de la détection d'anticorps SARS-CoV-2 à des niveaux proches de la limite de détection du test sérologique utilisé (COVID-SeroKlir, Kantaro Semi-Quantitative SARS- CoV-2 IgG ; figure 3). Étant donné que le patient P3 n'a reçu aucun produit biologique pendant son hospitalisation, il est probable que la séroconversion observée soit le résultat d'une réponse immunitaire retardée et faible de l'hôte.

Pour le patient P4, aucune vaccination antérieure n'a été enregistrée. Le bebtélovimab a été administré après leur premier test PCR SARS-CoV-2 positif, suivi d'une cure de nirmatrelvir/ritonavir (PaxlovidTM). P4 avait de faibles titres d'anticorps SARS-CoV-2 au moment du premier test PCR positif avant le traitement par anticorps monoclonal (Fig. 3c). Il convient de noter qu'une seule mutation S:V445A est apparue chez ce patient. Les variants viraux porteurs de cette mutation ont été associés à une sensibilité réduite au bebtélovimab dans les tests de neutralisation pseudotypés des particules pseudo-virales (VLP)25. Nous n'avons trouvé de mutations du SRAS-CoV-2 associées au remdesivir26,27,28,29,30,31 ou à la résistance au nirmatrelvir/ritonavir32 chez aucun des patients traités avec ces médicaments.

La neutralisation des isolats Omicron BA.1 par les sérums de personnes convalescentes ou vaccinées est fortement réduite par rapport aux niveaux obtenus pour la neutralisation des souches ancestrales33,34,35. Par conséquent, nous avons évalué le degré de résistance neutralisante de la variante BA.1.23 transmise (BA.1 + S:E96D, R346T, L455W, K548M, E484V, P681R, A688V) par rapport à Omicron BA.1 (B.1.1.529) , ainsi que le SARS-CoV-2 ancestral (USA-WA1/2020, WA). Nous avons utilisé un test de microneutralisation à plusieurs cycles dans lequel le sérum humain est présent en continu pour mieux imiter les conditions physiologiques in vivo33,36. Nous avons sélectionné des sérums de deux sous-ensembles de participants à l'étude PARIS représentant des niveaux d'immunité distincts. Le premier panel de sérums testés a été collecté avant et après la vaccination de rappel, tandis que le deuxième ensemble d'échantillons a été obtenu avant et après l'infection par Omicron BA.1 chez les participants vaccinés (voir le tableau supplémentaire 1 pour plus de détails).

Les sérums prélevés avant la vaccination de rappel avec les vaccins monovalents à ARN SARS-CoV-2 (18 échantillons appariés), ont moins bien neutralisé BA.1 et BA.1.23 que WA1/USA (titre moyen géométrique ; GMT WA1 : 71 ; GMT BA.1 : 12 ; GMT BA.1.23 : 6 ; Fig. 4a, les données source sont fournies sous forme de fichier Source Data), la majorité des échantillons ne présentant aucune activité de neutralisation contre BA.1 (5/9) et BA.1.23 (7 /9), respectivement. Les sérums appariés recueillis après la vaccination de rappel d'ARNm des mêmes participants à l'étude ont montré que la vaccination de rappel augmentait les titres de neutralisation pour tous les isolats viraux, mais la perte de neutralisation pour BA.1.23 était supérieure à 12 fois par rapport à la réduction > 6 fois pour BA.1 par rapport à WA1/USA (titre moyen géométrique ; MGT WA1 : 1 689 ; BA.1 : 189 ; MGT BA.1.23 : 43 ; Fig. 4a). Il convient de noter que la perte d'activité de neutralisation pour BA.1 par rapport à la variante ancestrale WA1/USA mesurée ici est inférieure à ce que nous et d'autres avons précédemment rapporté, ce qui pourrait être dû à la variation du dosage en combinaison avec le nombre limité d'échantillons testés33,34 ,37.

a Titres de neutralisation absolus (à gauche) et réduction de pli (à droite) pour les variants WA-1, BA.1 et BA.1.23 par des sérums appariés de 9 participants à l'étude collectés avant et après la vaccination de rappel (n = 18). Le nombre d'échantillons avec des titres inférieurs à la limite de détection du test sérologique (ligne pointillée) est indiqué en bas du graphique. Les barres d'erreur représentent la moyenne géométrique avec des intervalles de confiance à 95 %. Une ANOVA RM unidirectionnelle avec le test de comparaison multiple de Tukey a été utilisée pour comparer les titres de neutralisation avant et après la vaccination de rappel. ***valeurs p < 0,001, *valeur p : 0,02. b Titres de neutralisation absolus (à gauche) et réduction de pli (à droite) pour les isolats WA-1, BA.1 et BA.1.23 par les sérums des participants à l'étude qui ont subi une percée d'infection par BA.1. Les données pour les sérums appariés de 11 participants recueillis avant et après l'infection BA.1 (n = 22) sont présentées. Les barres d'erreur représentent la moyenne géométrique avec des intervalles de confiance à 95 %. Une ANOVA RM unidirectionnelle avec le test de comparaison multiple de Tukey a été utilisée pour comparer les titres de neutralisation avant et après la percée de BA.1. *valeurs p : 0,02, ns non significatif. c Titres de neutralisation absolus pour chacun des isolats (WA-1, BA.1 et BA.1.23) par les sérums prélevés sur le patient P2 avant et après l'infection par BA1.23. La première ligne pointillée verticale (à gauche) représente le moment de la troisième dose de vaccin en jours par rapport au cas index. La deuxième ligne pointillée verticale (à droite) indique le moment de l'infection par le variant BA.1.23. d Comparaison du facteur de neutralisation de la dilution inhibitrice à 50 % (ID50) mesuré avant et après la vaccination de rappel (panneau de gauche, basé sur 4a) ainsi qu'avant et après BA.1 (panneau du milieu, basé sur 4b) et BA.1.23 (panneau de droite, patient 2, basé sur 4c) percée d'infection pour chacun des trois virus testés (WA-1, BA.1 et BA.1.23). Chaque point représente l'IC50 ou les données de changement de pli pour un échantillon de sérum spécifique testé par dilution en série dans un cadre expérimental à répétition unique. GMT désigne la moyenne géométrique moyenne des valeurs de dilution inhibitrice à 50 % (ID50). La ligne pointillée horizontale représente la limite de détection (10). Les échantillons avec des titres de neutralisation inférieurs au niveau de détection ont reçu la valeur de neutralisation de 5 (égale à la moitié de la limite de détection) dans les tracés ID50. Les données sources pour cette figure sont fournies dans le fichier Source Data.

Nous avons ensuite testé comment les sérums prélevés sur les mêmes participants à l'étude avant et après une infection percée par le variant BA.1 Omicron (22 échantillons appariés) neutraliseraient BA.1.23. Nous avons noté une différence significative dans l'activité de neutralisation de BA.1.23 et BA.1 par rapport à WA1 dans les échantillons prélevés après une percée de BA.1 (Fig. 4b). Avant l'infection par BA.1, la différence était > 17 fois avec 3/11 échantillons ayant une activité de neutralisation indétectable pour BA.1.23 et > 14 fois la différence avec 2/11 des échantillons ne parvenant pas à neutraliser BA.1 (GMT WA1 : 346 ; GMT BA.1 : 26 ; GMT BA.1.23 : 22 ; figure 4b). Après l'infection, les titres de neutralisation ont augmenté pour les trois virus, réduisant la différence à quatre fois pour BA.1 et à cinq fois pour BA.1.23 (GMT WA1 : 1 913 ; GMT BA.1 : 503 ; GMT BA.1.23 : 399 ; Fig. .4b).

Ensuite, nous avons analysé les sérums prélevés sur le patient P2 à différents moments (c'est-à-dire avant la vaccination de rappel, après la vaccination de rappel mais avant l'infection par BA.1.23 et à deux moments après l'infection par BA.1.23). P2 a monté des anticorps neutralisants après une vaccination de rappel par ARNm contre WA1, mais pas contre BA.1 ou BA.1.23 (Fig. 4c). Le sérum prélevé un mois après la percée d'infection avec BA.1.23 a montré une forte augmentation de l'activité de neutralisation pour BA.1 et BA.1.23. (Fig. 4c). Enfin, nous avons calculé les changements de pli pour chaque isolat viral avant et après la vaccination de rappel ou l'infection percée avec BA.1 ou BA.1.23 (Fig. 4d). Ces données montrent que la vaccination de rappel monovalente augmente les titres de neutralisation pour les variants ancestraux, tandis que les infections percées avec des variants Omicron ont donné un coup de pouce à la neutralisation de ces variants contemporains. Fait intéressant, nous avons observé une grande variation dans la mesure dans laquelle l'infection par BA.1 a stimulé la neutralisation des deux variantes différentes d'Omicron (Fig. 4d, panneau du milieu, les changements de pli vont de moins de 1 à plus de 100 fois la différence).

En conclusion, l'isolat BA.1.23 persistant transmis est plus résistant à la neutralisation que le BA.1 parental. Cependant, l'infection par la variante BA.1 ou BA.1.23 d'Omicron a induit des réponses humorales à réaction croisée capables de neutraliser les deux variantes.

Il a été émis l'hypothèse que l'émergence de variantes du SRAS-CoV-2 antigéniquement diverses telles qu'Omicron résulte d'une évolution virale intra-hôte entraînée initialement par des réponses immunitaires sous-optimales, puis propagées par des transmissions directes10. Nos données démontrent que l'évolution intra-hôte du SRAS-CoV-2 au cours d'une infection persistante chez des individus immunodéprimés peut entraîner l'émergence et la propagation de nouvelles (sous-)variantes avec des mutations étendues dans des régions antigéniques clés, même dans le contexte de la lignée Omicron déjà fortement mutée. Notamment, nous constatons que la transmission de virus persistants peut se produire jusqu'à deux mois après le premier test positif au SRAS-CoV-2 (Fig. 2b). Une évolution séquentielle plus poussée des cas de transmission montre qu'une divergence rapide peut se produire par étapes et persister chez un petit nombre d'individus, ce qui complique la détection précoce de nouvelles variantes.

Les changements les plus importants dans l'évolution de la lignée BA.1.23 ont été observés lors de son émergence chez le patient P1 et de sa divergence ultérieure chez le patient P3 sur une période totale de 8 mois. Sur la base des données de tests cliniques disponibles, les deux patients étaient initialement négatifs pour les anticorps anti-SRAS-CoV-2, mais se sont séroconvertis à des niveaux modérés à faibles au moment où les mutations de pointe s'accumulaient. Ces conditions sont probablement optimales pour la sélection des mutations d'échappement immunitaire et expliquent le regroupement des changements spécifiques à BA.1.23 dans la protéine de pointe. Il est important de noter que les traitements antiviraux administrés sur des périodes de temps limitées en tant que monothérapies (par exemple, les anticorps monoclonaux, le remdesivir et le nirmatrelvir/ritonavir (Paxlovid™)) n'ont pas éliminé l'infection persistante, soulignant la nécessité d'une thérapie combinée améliorée ou potentielle adaptée pour la clairance virale dans ces situations particulières.

Lors de l'émergence initiale de la lignée BA.1.23 chez le patient index P1, les mutations étaient presque exclusivement non synonymes et concentrées dans la protéine de pointe. Les substitutions d'acides aminés ou les positions auxquelles les changements se sont accumulés ont été associées à une évasion de la neutralisation (par exemple, R346T, E484V, S477)16,17, une augmentation de l'avidité de liaison de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) (par exemple, R346T, L455W)38, une amélioration de l'avidité virale fusogénicité (par exemple, P681R/Y)18, ou une augmentation prévue de la forme physique (par exemple, positions 346, 484 et 681)39. Des changements progressifs ultérieurs chez le patient P3 se sont produits plus largement dans tout le génome du SRAS-CoV-2. Les mutations RBD N448S et F456L présentes dans l'échantillon le plus récent de P3 se trouvent dans la région de liaison ACE2 avec le potentiel de modifications de l'affinité de liaison et de l'échappement des anticorps38. Mutations à l'extérieur du pic cartographiées sur des protéines non structurelles, dont beaucoup ont déjà été détectées dans d'autres COV tels que Nsp3:T183I (Alpha), Nsp3:K977Q (Gamma), Nsp12:G671S (Delta AY.*) et Omicron (BA.2.75 ). Bien que les effets de ces mutations n'aient pas été caractérisés, ils se sont produits dans la sous-unité de la polymérase virale (Nsp12) et dans des protéines ayant une activité antagoniste vis-à-vis de l'immunité innée de l'hôte (Nsp3, ORF6, ORF7a, ORF9b)40.

Conformément aux modifications importantes de la protéine de pointe, la résistance du variant BA.1.23 transmis à la neutralisation par les sérums polyclonaux a été considérablement augmentée par rapport à la souche SARS-CoV-2 ancestrale ainsi qu'à BA.1 Omicron. Cela était vrai à la fois pour les sérums collectés avant et après la vaccination de rappel monovalente, ainsi que pour les percées d'infection BA.1 (Fig. 4). L'évasion de la neutralisation était probablement médiée par la combinaison de R346T, L455W, K458M et E/A484V dans la région de liaison au récepteur de la pointe. Il convient de noter que des substitutions à la position R346 se trouvent dans plusieurs sous-lignées Omicron (par exemple, BA.4, BA.5) et sous-variantes (par exemple, BA.2.72.2, BA.4.6/BF.7 (R346T), BA.4.7 ( R346S), et BA.5.9 (R346I))41. Ces variants ne circulaient pas au moment de l'émergence de BA.1.23, indiquant une évolution convergente dans le contexte de réponses immunitaires sous-optimales.

Nous avons en outre découvert que les changements dans les populations virales minoritaires peuvent augmenter considérablement le spectre des mutations au cours d'une infection persistante au-delà de ce qui est observé au niveau consensuel. Des "quasi-espèces" virales ont été décrites pour les coronavirus pandémiques tels que le SARS-CoV-1, le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et le SARS-CoV-242,43,44,45,46,47,48, mais leur rôle reste à élucider49. Fait intéressant, les miSNV se sont produits principalement dans les régions conservées et sont restés présents dans plusieurs spécimens séquentiels. Seul un petit sous-ensemble de ces mutations est devenu dominant dans les spécimens ultérieurs. Nous supposons que ces populations virales permettent à des mutations sous-optimales de persister chez l'hôte, augmentant la probabilité d'émergence de mutations compensatoires qui compensent leurs défauts de fitness.

Malgré une surveillance attentive, nous n'avons pas rencontré de nouveaux cas BA.1.23 dans notre surveillance de routine du SRAS-CoV-2 ou dans la base de données GISAID entre juin et septembre 2022, ce qui suggère que la lignée ne s'est pas propagée au-delà de l'épidémie initiale. Cela peut être dû à la prudence accrue des patients immunodéprimés pour éviter les contacts qui pourraient augmenter leur risque d'infection. Nous notons également que les patients P1, P3 et P4 ont été hospitalisés pendant de longues périodes au cours de leurs infections persistantes, limitant davantage l'exposition communautaire. Enfin, la transmission limitée pourrait refléter une aptitude réduite de BA.1.23 par rapport aux lignées contemporaines. Il convient de noter à cet égard que l'émergence de la lignée BA.1.23 a coïncidé avec le déplacement général des sous-lignées BA.1 par BA.2 dans la région de NYC, en particulier BA.2.12.1, qui a dominé les cas de SRAS-CoV-2 pendant au printemps et au début de l'été 2022. Une période d'observation plus longue avec une surveillance continue des antécédents sera nécessaire pour identifier rapidement toute réémergence potentielle de BA.1.23 chez des patients autres que ceux inclus dans cette étude.

Nos résultats s'ajoutent aux connaissances accumulées concernant les infections persistantes du SRAS-CoV-2 et documentent les transmissions ultérieures. En outre, nous montrons que les infections persistantes peuvent entraîner l'émergence de variantes virales susceptibles de se propager à d'autres individus, dont certains peuvent eux-mêmes développer des infections prolongées, et ainsi établir une voie pour l'évolution continue du virus. Cela justifie la surveillance génomique des infections persistantes en particulier, et souligne encore la nécessité de limiter la durée de l'infection virale. Une détection précoce améliorée des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 et un suivi de la transmission vers l'avant, une meilleure compréhension des processus de sélection à l'origine de l'évolution du SRAS-CoV-2 et du rôle des miSNV, ainsi que des thérapies qui limitent la persistance et l'excrétion du virus, sont essentiels pour réduire l'émergence de variants viraux fortement mutés à l'avenir.

Les tests de diagnostic moléculaire du SRAS-CoV-2 ont été effectués dans les laboratoires de microbiologie moléculaire du laboratoire clinique MSHS par des tests d'amplification d'acide nucléique (NAAT) qui ont été validés pour les écouvillons nasopharyngés (NP), les narines antérieures (AN) et les échantillons de salive. Tous les échantillons positifs sauf un inclus dans cette étude ont été testés à l'aide du kit de détection d'acide nucléique du nouveau coronavirus PerkinElmer® qui fournit une détection qualitative de l'acide nucléique du SRAS-CoV-2. Il comprend deux cibles SARS-CoV-2 (ORF1ab, N) et un contrôle positif interne (IC ; bactériophage MS2). Des valeurs de seuil de cycle (Ct) sont générées pour les trois cibles et fournissent une estimation quantitative de la charge virale. Le seul autre échantillon positif qui a été exécuté sur une autre plate-forme de test était le premier échantillon du cas index (P1). Il a été testé en tant que test au point de service (POC) à l'aide du test cobas® Liat® System (cobas® SARS-CoV-2 & Influenza A/B), et l'échantillon biologique a été jeté avant le transfert vers le MS-PSP.

Le programme de surveillance des agents pathogènes du mont Sinaï (MS-PSP) a dressé le profil de l'évolution du paysage du SRAS-CoV-2 à New York (NYC) depuis le début de la pandémie50,51. Nous effectuons régulièrement un séquençage complet du génome viral d'échantillons positifs contemporains au SRAS-CoV-2 sélectionnés au hasard et prélevés auprès de patients cherchant des soins dans notre système de santé. Des échantillons respiratoires résiduels (écouvillons NP, AN) ont été prélevés après l'achèvement du processus de diagnostic, dans le cadre du programme de surveillance des agents pathogènes du mont Sinaï.

Nous avons utilisé un panel de sérums collectés dans le cadre de la cohorte observationnelle longitudinale PARIS (Protection Associated with Rapid Immunity to SARS-CoV-2)52. Cette étude suit longitudinalement les travailleurs de la santé depuis avril 2020. Les échantillons ont été sélectionnés en fonction des différents niveaux d'immunité des participants à l'étude (avant et après la vaccination de rappel, ainsi qu'avant et après l'infection par Omicron BA.1). Les sérums collectés avant et après la vaccination de rappel contre le SRAS-CoV-2 (n = 9 participants, 18 sérums), ainsi qu'avant et après les infections percées par Omicron BA.1 (n = 11 participants, 22 sérums), ont été sélectionnés pour les tests dans cette étude (voir les tableaux supplémentaires 1 et 2 pour les informations sur les infections, les vaccins et les données démographiques). Plusieurs échantillons de sérum du patient P2 avant et après l'infection par BA.1.23 étaient disponibles pour des tests de neutralisation. Les 44 sérums (40 PARIS, 4 de P2) de nos cohortes observationnelles sont uniques à cette étude et ne sont pas accessibles au public.

Le programme a été examiné et approuvé par le comité d'examen institutionnel de l'hôpital Mount Sinai (MSH) (IRB-13-00981). L'enquête détaillée sur les infections persistantes par le SRAS-CoV-2 chez les patients recevant des soins au Mount Sinai Health System a été examinée et approuvée séparément par le MSH IRB (IRB-22-00760). L'étude PARIS a été revue et approuvée par le MSH IRB (IRB-20-03374). Tous les participants ont signé des formulaires de consentement écrits avant la collecte d'échantillons et de données et ont donné leur autorisation pour la mise en banque et le partage d'échantillons. De plus, le patient P2 a participé à une autre de nos études observationnelles (IRB-16-01215). Ils ont fourni un consentement écrit avant la collecte des échantillons biologiques et des données.

L'ARN a été extrait à l'aide du kit H96 Chemagic™ Viral DNA/RNA 300 (PerkinElmer, CMG-1033-S) sur l'instrument automatisé Chemagic™ 360 (PerkinElmer, 2024-0020) à partir de 300 uL de milieu de transport viral selon le protocole du fabricant. La synthèse d'ADNc suivie d'une amplification du génome entier avec deux ensembles de panneaux d'amorces personnalisés ciblant les régions de 1,5 et 2 kb à travers le génome du SRAS-CoV-2 a été effectuée comme décrit précédemment50 avec l'ajout de nouveaux oligonucléotides pour minimiser l'abandon d'amplicon pour les lignées Omicron dérivées de la lignée PANGO B .1.1.529 (tableau complémentaire 3). Les bibliothèques Nextera XT (Illumina, cat. FC-131-1096) appariées (2 x 150 pb) préparées à partir d'amplicons ont été séquencées sur un instrument MiSeq. Les génomes du SRAS-CoV-2 ont été assemblés à l'aide de notre outil personnalisé Virus Reference-based Assembly Pipeline and IDentification (vRAPID)53 avec des modifications de notre pipeline d'assemblage covid décrit précédemment50. La profondeur de séquençage moyenne finale par génome variait entre ~ 135 000 et ~ 415 000 lectures.

Les variantes minoritaires de nucléotide unique intra-hôte (miSNV) ont été annotées lorsqu'elles étaient présentes dans les lectures de brin avant et arrière d'un seul échantillon et à une fréquence minimale de 0,1 (10%). Un deuxième filtre de contrôle de la qualité a été appliqué en n'incluant que les postes pour lesquels les miSNV étaient présents dans plus d'un échantillon de l'étude (à différents moments) ou pour les postes qui ont changé au niveau du consensus à tout moment de l'enquête.

Les séquences de fond mondiales du SARS-CoV-2 ont été téléchargées à partir de la base de données GISAID EpiCoV (en date du 2022-11-07). La base de données GISAID a été interrogée pour les nouvelles mutations observées dans les séquences P1-P4 afin d'identifier leurs correspondances les plus proches. Les coups de séquence ont été confirmés par leur distance de Mash54. Pour cela, une esquisse du génome a été générée avec Mash v.2.3 à partir de l'alignement aseptisé des séquences globales filtrées pour les lignées BA.1.* telles que produites par Nextstrain1,55 v11 pour le SARS-CoV-2 avec les paramètres par défaut (https:// github.com/nextstrain/ncov). Cela a permis des comparaisons par paires de nos données avec des séquences globales de haute qualité avec les métadonnées disponibles. Les inférences phylogénétiques à vraisemblance maximale des génomes MS-PSP SARS-CoV-2, y compris les correspondances de séquence les plus proches et toutes les autres séquences de lignée BA.* du programme de surveillance MS-PSP, ont été effectuées à l'aide d'un Omicron BA.* et d'un New York State -arrière-plan focalisé avec schéma de sous-échantillonnage de proximité avec Nextstrain sous le modèle GTR + G de substitution de nucléotides. La prise en charge des branches a été évaluée avec la méthode d'amorçage ultrarapide avec 1 000 répliques dans la version 2.1.256,57 multicœur IQ-TREE. Les affectations de clade et de lignée ont été effectuées avec Nextclade CLI v3.2 (2021-11-04)58 et avec PANGO-v1.8 (pangolin v3.1.17, pangoLEARN v.2022-04-22)59,60.

Nous avons effectué une analyse de recombinaison pour la lignée BA.1.23 au niveau consensus avec RIPPLES (Recombination Inference using Phylogenetic PLacEmentS23), avec des paramètres par défaut mais autorisant un minimum de 3 descendants. Cette analyse a été effectuée à l'aide d'une phylogénie à l'échelle mondiale générée avec UShER61 contenant une vaste collection de séquences publiques de Genebank, COG-UK et du China National Center for Bioinformation (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/wuhCor1/UShER_SARS -CoV-2/). Les améliorations du score de parcimonie supérieures à 7 ont été considérées comme reflétant de véritables événements de recombinaison.

Pour tenir compte des variants présents en dessous des niveaux consensuels, nous avons considéré tous les échantillons du patient P1 à partir du jour 46, lorsque des variants minoritaires ont été détectés à plus de 10 positions, jusqu'au jour 131, lorsque le plus grand nombre de mutations a été observé. Nous avons utilisé une fenêtre glissante de 3 mutations consécutives pour identifier les lignées portant des combinaisons similaires dans covSPECTRUM24. Les critères de recherche comprenaient la diversité globale (filtre mondial) entre la période du 01/11/2021 (émergence d'Omicron) et le 30/09/2022 (10 jours après l'identification du dernier échantillon BA.1.23).

Le SARS-CoV-2 compétent pour la réplication a été obtenu comme décrit précédemment33. En bref, les cellules Vero-E6 exprimant la sérine protéase transmembranaire 2 (TMPRSS2) (BPS Biosciences, catalogue (cat.) n° 78081) et les cellules Vero-E6 exprimant à la fois TMPRSS2 et l'enzyme de conversion de l'angiotensine-2 (ACE2) (BEI Resources, catalogue ( cat.) n° NR-54970) ont été cultivées dans du milieu Eagle modifié de Dulbecco contenant 10 % de sérum de veau fœtal inactivé par la chaleur et 1 % de solution d'acides aminés de milieu essentiel minimum (MEM), additionnée de 100 U/ml de pénicilline, 100 μg/ml streptomycine, 100 μg/ml de normocine et 3 μg/ml de puromycine. Les lignées cellulaires ont été authentifiées par le fournisseur et déterminées comme étant exemptes de contamination par les mycoplasmes par un test basé sur la PCR (Universal Mycoplasma Detection Kit, ATCC, Cat. 30-1012 K). 200 ul de milieu de transport viral provenant de l'échantillon d'écouvillonnage nasopharyngé ou antérieur des narines ont été ajoutés aux cellules Vero-E6-TMPRSS2 ou Vero-E6-TMPRSS2.T2A.ACE2 dans un milieu de culture additionné de 2 % de sérum bovin fœtal inactivé par la chaleur, 100 g/ ml de normocine et 0,5 μg/ml d'amphotéricine B. Les cultures ont été maintenues pendant un maximum de 10 jours. Les surnageants de culture ont été recueillis et clarifiés par centrifugation (3739 g pendant 5 min) dès l'apparition d'effets cytopathiques. Les cultures virales ont réussi pour les échantillons initiaux obtenus des patients P2, P3 et P4, mais ont échoué pour tous les échantillons des patients P1. Deux isolats représentatifs et séquencés vérifiés de BA.1.23 ont été déposés auprès des ressources BEI des NIH.

Les stocks viraux ont été séquencés puis titrés à l'aide de la méthode de dose infectieuse de culture tissulaire à 50 % (TCID50) sur des cellules Vero-E6-TMPRSS2. Sur la base de la vérification du séquençage, un isolat viral de P3 (PV56567) a été sélectionné pour d'autres expériences. Depuis le titre viral initial du BA.1 élargi. 23 PV56567 stock viral était trop faible (4 × 10 ^ 2 TCID50/ml) pour effectuer des tests de microneutralisation, nous avons concentré l'isolat viral 4x en utilisant Pierce™ Protein Concentrator PES, 100 K MWCO (Thermo Scientific, numéro de catalogue : 88537) comme décrit par le fabricant. Brièvement, le surnageant de culture a été recueilli dès l'apparition d'un effet cytopathique (CPE), clarifié par centrifugation (3739 g, 5 min) puis concentré. Les titres après concentration étaient de 2,25 × 10 ^ 5 TCID50/ml.

Les sérums prélevés auprès de trois groupes différents de participants à l'étude ont été utilisés pour évaluer la neutralisation des isolats de type sauvage (WA1), BA.1 et BA.1.23 SARS-CoV-2. Le premier panel d'échantillons comprend des sérums collectés avant et après la vaccination de rappel par ARNm SARS-CoV-2 (n = 9, cohorte PARIS), le deuxième panel comprend des sérums collectés avant et après BA.1 Omicron break-through infection (n = 11, cohorte PARIS). La dernière série comprend des échantillons longitudinaux de P2, le premier des cas de transmission vers l'avant, collectés avant et après l'infection par BA.1.23.

Les sérums des participants à l'étude ont été dilués en série (trois fois) à partir d'une dilution de départ de 1:10 en utilisant un milieu d'infection constitué d'un milieu essentiel minimum (MEM, Gibco) additionné de 2 mM de L-glutamine, 0,1 % de bicarbonate de sodium (p/v, Gibco), 10 mM d'acide 4-(2-hydroxyéthyl)-1-pipérazineéthanesulfonique (HEPES, Gibco), 100 U/ml de pénicilline, 100 μg/ml de streptomycine (Gibco) et 0,2 % d'albumine de sérum bovin (MP Biomedicals). Les sérums dilués ont été incubés pendant une heure avec 10 000 TCID50 des trois virus différents à température ambiante. Après l'incubation, 120 μl du mélange sérum-virus ont été transférés dans Vero-E6-TMPRSS2 (plaqués dans des plaques à 96 puits la veille) et incubés à 37 ° C, 5% de CO2 pendant une heure. Le mélange sérum-virus a été retiré et 100 μl/puits des sérums dilués ont été ajoutés en plus de 100 μl/puits de MEM 2% FBS. Les plaques ont été incubées pendant 48 h à 37°C d'incubation. Les cellules ont été fixées (200 μl/puits, solution de formaldéhyde à 10 %) pendant une nuit à 4 °C avant la coloration avec l'anticorps monoclonal de la nucléoprotéine du SRAS biotinylé 1C7C7 (Millipore Sigma, n° de catalogue ZMS1075) à une concentration de 1 μg ml-1, suivi d'une coloration secondaire avec de la streptavidine conjuguée à la HRP (Thermo Fisher Scientific) à une dilution de 1:2000 comme décrit précédemment33. Toutes les procédures ci-dessus ont été effectuées deux fois dans l'installation de niveau de sécurité biologique 3 (BSL-3) de l'école de médecine Icahn du mont Sinaï, conformément aux directives de sécurité standard approuvées. La coloration des nucléoprotéines a été effectuée comme décrit précédemment33. Tous les anticorps commerciaux ont été validés par leurs fabricants et ont été titrés en laboratoire pour déterminer la concentration optimale pour l'expérimentation. L'anticorps monoclonal 1C7C7 biotinylé en interne a été validé dans des cellules infectées par des isolats viraux WT SARS-CoV-2, BA.1 et BA.1.23.

Les analyses statistiques ont été réalisées à l'aide du logiciel Prism 9 (GraphPad). Une ANOVA unidirectionnelle avec le test de comparaisons multiples de Tukey a été utilisée pour comparer les titres de neutralisation des trois virus.

De plus amples informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé des rapports sur le portefeuille Nature lié à cet article.

Les séquences complètes du génome des isolats viraux cultivés à partir d'écouvillons nasaux (BA.1 et BA.1.23) sont disponibles dans GenBank (numéros d'accès ON220548, ON220539, ON196014, ON193425, ON220529, ON220571, ON220533, ON934538, ON934577, ON934030, ON93 4607, ON854465 , ON619382). Les données RNA-seq sont disponibles dans Sequence Read Archive (SRA), soumission SUB12865927 sous le numéro BioProject PRJNA623586 (numéros d'accès BioSample SAMN33273632 - SAMN33273655). Les ensembles de données générés et/ou analysés au cours de la présente étude sont annexés en tant que données supplémentaires. Les données sources sont fournies avec ce document.

Le pipeline vRAPID a été développé pour l'assemblage du génome viral basé sur des références de données de séquençage à lecture courte. Le code personnalisé se trouve sur vRAPID [https://zenodo.org/record/7829342].

Version Nextstrain pour le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 (2020).

DeGrace, MM et al. Définir le risque des variants du SRAS-CoV-2 sur la protection immunitaire. Nature 605, 640–652 (2022).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Flemming, A. Omicron, le grand artiste de l'évasion. Nat. Rév. Immunol. 22, 75 (2022).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Plante, JA et al. Le pari de la variante : le prochain mouvement de COVID-19. Microbe hôte cellulaire 29, 508–515 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Van Blargan, LA et al. Un virus infectieux SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron échappe à la neutralisation par des anticorps monoclonaux thérapeutiques. Nat. Méd. 28, 490–495 (2022).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Corey, L. et al. Variantes du SRAS-CoV-2 chez les patients immunodéprimés. N. Engl. J. Med. 385, 562-566 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Avanzato, VA et al. Étude de cas : excrétion prolongée du SRAS-CoV-2 infectieux chez une personne immunodéprimée asymptomatique atteinte d'un cancer. Cellule 183, 1901–1912.e1909 (2020).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Choi, B. et al. Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé. N. Engl. J. Med. 383, 2291-2293 (2020).

Article PubMed Google Scholar

Kemp, SA et al. Évolution du SRAS-CoV-2 au cours du traitement d'une infection chronique. Nature 592, 277-282 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Truong, TT et al. Variantes virales accrues chez les enfants et les jeunes adultes présentant une immunité humorale altérée et une infection persistante par le SRAS-CoV-2 : une série de cas consécutifs. EBioMedicine 67, 103355 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Scherer, EM et al. Évolution du SRAS-CoV-2 et évasion immunitaire chez les patients immunodéprimés. N. Engl. J. Med. 386, 2436-2438 (2022).

Article PubMed Google Scholar

Cele, S. et al. L'infection prolongée par le SRAS-CoV-2 au cours d'une maladie à VIH avancée entraîne une évasion immunitaire importante. Microbe hôte cellulaire 30, 154–162.e155 (2022).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hoffman, SA et al. Mutations de résistance à la neutralisation du SRAS-CoV-2 chez un patient atteint du VIH/SIDA, Californie, États-Unis. Urgence Infecter. Dis. 27, 2720–2723 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Martin, DP et al. L'analyse de sélection identifie des changements mutationnels groupés inhabituels dans la lignée Omicron BA.1 qui ont probablement un impact sur la fonction de Spike. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2022.01.14.476382 (2022).

(CoG-UK), C.-GCU Caractérisation génomique préliminaire d'une lignée SARS-CoV-2 émergente au Royaume-Uni définie par un nouvel ensemble de mutations de pointe. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike- mutations/563 (2020).

Greaney, AJ et al. Cartographie des mutations du SARS-CoV-2 RBD qui échappent à la liaison par différentes classes d'anticorps. Nat. Commun. 12, 4196 (2021).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Starr, TN et al. L'analyse mutationnelle profonde du domaine de liaison du récepteur SARS-CoV-2 révèle des contraintes sur le repliement et la liaison ACE2. Cellule 182, 1295–1310.e1220 (2020).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Escalera, A. et al. Les mutations dans les variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 sont liées à une augmentation du clivage des pointes et de la transmission du virus. Microbe hôte cellulaire https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.01.006 (2022).

Saito, A. et al. Renforcement de la fusogénicité et de la pathogénicité de la mutation SARS-CoV-2 Delta P681R. Nature 602, 300–306 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Meng, B. et al. L'utilisation modifiée de TMPRSS2 par le SARS-CoV-2 Omicron a un impact sur l'infectiosité et la fusogénicité. Nature 603, 706–714 (2022).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hill, VR, A. Analyse phylodynamique du SARS-CoV-2 | Mise à jour 2020-03-06 https://virological.org/t/phylodynamic-analysis-of-sars-cov-2-update-2020-03-06/420 (2020).

Pekar, JE et al. L'épidémiologie moléculaire des multiples origines zoonotiques du SARS-CoV-2. Sciences 377, 960–966 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Turakhia, Y. et al. La phylogénomique à l'échelle pandémique révèle le paysage de la recombinaison du SARS-CoV-2. Nature 609, 994–997 (2022).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Chen, C. et al. CoV-Spectrum : analyse des données SARS-CoV-2 partagées à l'échelle mondiale pour identifier et caractériser de nouvelles variantes. Bioinformatique 38, 1735–1737 (2022).

Article MathSciNet CAS PubMed Google Scholar

Fiche d'information pour les prestataires de soins de santé : Autorisation d'utilisation d'urgence pour le bebtelovimab., https://pi.lilly.com/eua/bebtelovimab-eua-factsheet-hcp.pdf#page=12 (2022).

Szemiel, AM et al. La sélection in vitro de la résistance au Remdesivir suggère une prévisibilité évolutive du SRAS-CoV-2. PLoS Pathog. 17, e1009929 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Gandhi, S. et al. Émergence de novo d'une mutation de résistance au remdesivir lors du traitement d'une infection persistante par le SRAS-CoV-2 chez un patient immunodéprimé : à propos d'un cas. Nat. Commun. 13, 1547 (2022).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Checkmahomed, L. et al. La sélection in vitro du SRAS-CoV-2 résistant au remdesivir démontre une barrière élevée à la résistance. Antimicrobien. Agents Chemother. 66, e0019822 (2022).

Article PubMed Google Scholar

Agostini, ML et al. La sensibilité du coronavirus au remdesivir antiviral (GS-5734) est médiée par la polymérase virale et l'exoribonucléase de relecture. mBio 9 https://doi.org/10.1128/mBio.00221-18 (2018).

Martinot, M. et al. Mutation émergente de l'ARN polymérase dépendante de l'ARN chez un patient immunodéficient à cellules B traité au remdesivir atteint d'une maladie à coronavirus prolongée 2019. Clin. Infecter. Dis. 73, e1762–e1765 (2021).

Article CAS PubMed Google Scholar

Tchesnokov, EP et al. L'inhibition dépendante de la matrice de l'ARN polymérase ARN-dépendante du coronavirus par le remdesivir révèle un deuxième mécanisme d'action. J. Biol. Chim. 295, 16156–16165 (2020).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Zhou, Y. et al. Variantes du SRAS-CoV-2 résistantes au nirmatrelvir avec une haute forme physique in vitro. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2022.06.06.494921 (2022).

Carreno, JM et al. Activité du sérum convalescent et vaccinal contre le SARS-CoV-2 Omicron. Nature 602, 682–688 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Cele, S. et al. Omicron échappe largement mais incomplètement à la neutralisation Pfizer BNT162b2. Nature 602, 654–656 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Dejnirattisai, W. et al. Le SRAS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 conduit à une fuite généralisée des réponses d'anticorps neutralisants. Cellule 185, 467–484.e415 (2022).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Carreno, JM et al. Preuve de l'activité de liaison et de neutralisation des pics conservée contre les variantes émergentes du SRAS-CoV-2 dans le sérum des receveurs du vaccin ARNm COVID-19. EBioMedicine 73, 103626 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Wilhelm, A. et al. Neutralisation limitée des sous-variants SARS-CoV-2 Omicron BA.1 et BA.2 par le sérum convalescent et vaccinal et les anticorps monoclonaux. EBioMedicine 82, 104158 (2022).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Données de balayage mutationnel profond du domaine de liaison au récepteur Omicron. https://jbloomlab.github.io/SARS-CoV-2-RBD_DMS_Omicron/

Obermeyer, F. et al. L'analyse de 6,4 millions de génomes du SRAS-CoV-2 identifie les mutations associées à la forme physique. Sciences 376, 1327-1332 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Thorne, LG et al. Évolution de l'évasion immunitaire innée améliorée par le SRAS-CoV-2. Nature 602, 487–495 (2022).

Article ADS CAS PubMed Google Scholar

Jian, F. et al. Nouvelle évasion de l'immunité humorale des sous-variants émergents SARS-CoV-2 BA.4 et BA.5. bioRxiv, 2022.2008.2009.503384 (2022).

Jary, A. et al. Évolution des quasi-espèces virales au cours de l'infection par le SRAS-CoV-2. Clin. Microbiol. Infecter. 26, 1560 e1561–1560 e1564 (2020).

Article Google Scholar

Xu, D., Zhang, Z. & Wang, quasi-espèces de coronavirus associées au SRAS FS chez des patients individuels. N. Engl. J. Med. 350, 1366-1367 (2004).

Article CAS PubMed Google Scholar

Karamitros, T. et al. Le SRAS-CoV-2 présente une plasticité génomique intra-hôte et des quasi-espèces polymorphes à basse fréquence. J.Clin. Virole. 131, 104585 (2020).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Briese, T. et al. Les quasi-espèces de coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient qui comprennent des homologues d'isolats humains révélés par une analyse du génome entier et un virus cultivé à partir de dromadaires en Arabie saoudite. mBio 5, e01146–01114 (2014).

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Tonkin-Hill, G. et al. Modèles de diversité génétique intra-hôte dans le SRAS-CoV-2. Elife 10 https://doi.org/10.7554/eLife.66857 (2021).

Valesano, AL et al. Dynamique temporelle de l'accumulation de mutations du SRAS-CoV-2 à l'intérieur et entre les hôtes infectés. PLoS Pathog. 17, e1009499 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Wang, Y. et al. Variation intra-hôte et dynamique évolutive des populations de SARS-CoV-2 chez les patients COVID-19. Génome Med. 13, 30 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Sun, F. et al. La quasi-espèce du SRAS-CoV-2 fournit un pool de mutations avantageux pour les variantes épidémiques. Microbiol. Spectre. 9, e0026121 (2021).

Article PubMed Google Scholar

Gonzalez-Reiche, AS et al. Introductions et propagation précoce du SRAS-CoV-2 dans la région de New York. Sciences https://doi.org/10.1126/science.abc1917 (2020).

Hernandez, MM et al. Preuve moléculaire du SRAS-CoV-2 à New York avant la première vague pandémique. Nat. Commun. 12, 3463 (2021).

Article ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Simon, V. et al. PARIS et SPARTA : trouver le talon d'Achille du SARS-CoV-2. mSphere 7, e0017922 (2022).

Article PubMed Google Scholar

vRAPID : pipeline d'assemblage et identification basés sur des références de virus (Zenodo, 2023).

Ondov, BD et al. Mash : estimation rapide de la distance du génome et du métagénome à l'aide de MinHash. Génome Biol. 17, 132 (2016).

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Hadfield, J. et al. Nextstrain : suivi en temps réel de l'évolution des pathogènes. Bioinformatique 34, 4121–4123 (2018).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hoang, DT, Chernomor, O., von Haeseler, A., Minh, BQ & Vinh, LS UFBoot2 : amélioration de l'approximation bootstrap ultrarapide. Mol. Biol. Évol. 35, 518–522 (2018).

Article CAS PubMed Google Scholar

Nguyen, L.-T., Schmidt, HA, von Haeseler, A. & Minh, BQ IQ-TREE : un algorithme stochastique rapide et efficace pour estimer les phylogénies à vraisemblance maximale. Mol. Biol. Évol. 32, 268-274 (2015).

Article CAS PubMed Google Scholar

Aksamentov, IR, Cornelius, Hodcroft, EB & Neher, RA Nextclade : attribution de clade, appel de mutation et contrôle de la qualité des génomes viraux. J. Logiciel Open Source. 6, 3773 (2021).

Annonces d'article Google Scholar

Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées v. 2020-05-19 (2020).

O'Toole, A. et al. Suivi de la propagation internationale des lignées SARS-CoV-2 B.1.1.7 et B.1.351/501Y-V2 avec grinch. Bienvenue Open Res. 6, 121 (2021).

PubMed PubMed Central Google Scholar

Turakhia, Y. et al. Le placement ultrarapide d'échantillons sur des arbres existants (UShER) permet une phylogénétique en temps réel pour la pandémie de SRAS-CoV-2. Nat. Genet. 53, 809–816 (2021).

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Télécharger les références

Nous remercions le Mount Sinai Hospital and School Leadership, en particulier le Dr David Reich, le Dr Dennis Charney et le Dr Carlos Cordon-Cardo, pour leur soutien continu au MS-PSP tout au long de la pandémie. Nous remercions les technologues de laboratoire et le personnel des laboratoires de microbiologie moléculaire et des laboratoires d'intervention rapide du système de santé Mount Sinai, car sans leur aide et leur aide, aucun de ces travaux de surveillance ne serait possible. Nous remercions le Dr RA Albrecht pour la supervision de l'installation de bioconfinement conventionnelle BSL-3 au mont Sinaï, qui rend possible notre travail avec des isolats de SARS-CoV-2 compétents en matière de réplication. Nous remercions les auteurs et les laboratoires d'origine et de soumission des séquences de l'EpiCoV de GISAID (www.gisaid.org) qui ont été utilisées comme arrière-plan pour nos inférences phylogénétiques. Le travail rapporté a été, en partie, soutenu par un contrat de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses (75N93021C00014, Option 12 A, à VS et HvB) attribué au Centre de recherche sur la pathogenèse et la transmission de la grippe et par une Option au Contrat Collaborative Influenza Vaccine Innovation Centers (CIVIC) 75N93019C00051 (à FK et VS) dans le cadre du programme SARS-CoV-2 Assessment of Viral Evolution (SAVE), un contrat de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses (HHSN272201400008C, Option 20 , à VS, FK et HvB) décerné au Centre de recherche sur la pathogenèse de la grippe, et prix (S10OD026880 et S10OD030463, à ISMMS) du Bureau des programmes d'infrastructure de recherche des NIH. Un support supplémentaire a été fourni par R21AI169280 (à VS) et U19AI168631 (à VS, FK et HvB). Le programme de surveillance des agents pathogènes du mont Sinaï est soutenu en partie par des fonds institutionnels de la Icahn School of Medicine ainsi que de l'hôpital Mount Sinai (aux EMS, VS et HvB). Ce travail a également été soutenu en partie par les ressources informatiques et de données et l'expertise du personnel fournies par Scientific Computing and Data à l'Icahn School of Medicine de Mount Sinai et soutenu par la subvention UL1TR004419 des Clinical and Translational Science Awards (CTSA) du National Center for Faire progresser les sciences translationnelles (à l'école de médecine Icahn du mont Sinaï).

Département de génétique et des sciences génomiques, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Ana S. Gonzalez-Reiche, Daniel Floda, Adriana van de Guchte, Zain Khalil, Keith Farrugia, Jian Zhang, Bremy Alburquerque, Robert Sebra et Harm van Bakel

Département de microbiologie, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Hala Alshammary, Jose Polanco, Juan Manuel Carreno, Angela A. Amoako, Aria Rooker, Christian Cognigni, Giulio Kleiner, Dalles Andre, Katherine F. Beach, Maria C. Bermudez-Gonzalez, Gianna Cai, Neko Lyttle, Lubbertus CF Mulder, Annika Oostenink, Ashley Beathrese T. Salimbangon, Gagandeep Singh, Morgan van Kesteren, Brian Monahan, Jacob Mauldin, Levy A. Sominsky, Charles Gleason, Komal Srivastava, Florian Krammer, Viviana Simon et Harm van Bakel

Centre de recherche sur les vaccins et de préparation aux pandémies (C-VaRPP), Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Hala Alshammary, Jose Polanco, Juan Manuel Carreño, Angela A. Amoako, Aria Rooker, Christian Cognigni, Levy A. Sominsky, Charles Gleason, Komal Srivastava, Florian Krammer et Viviana Simon

Division des maladies infectieuses, Département de médecine, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Sarah Schaefer, Gopi Patel et Viviana Simon

École supérieure des sciences biomédicales, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Nima Assad et Bremy Albuquerque

Icahn Genomics Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Robert Sebra et Harm van Bakel

Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Robert Sébra

The Global Health and Emerging Pathogens Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Robert Sébra

Département de pathologie, médecine moléculaire et cellulaire, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

John David Ramirez, Radhika Banu, Paras Shrestha, Florian Krammer, Alberto Paniz-Mondolfi, Emilia Mia Sordillo & Viviana Simon

Centre de recherche en microbiologie et biotechnologie-UR (CIMBIUR), Faculté des sciences naturelles, Universidad del Rosario, Bogotá, Colombie

Juan David Ramírez

The Global Health Emerging Pathogens Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

viviane simon

Médecine environnementale et santé publique, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, États-Unis

Mahmoud Awawda

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

Conceptualisation : ASG-R., HA, EMS, VS, HvB Acquisition d'échantillons : SS, GP, JP, AA, AR, CC, DF, LAS, CG, KS, JDR, RB, PS, AP-M., PSP- Groupe d'étude de PARIS. Séquençage et assemblage du génome : A.vd.G., KF, ZK, JZ, BA, RS Méthodologie : ASG-R., HA, NA, JMC, FK Investigation : ASG-R., HA, JMC, EMS, VS, HvB Visualisation : ASG-R., HA, VS, HvB Financement Acquisition : EMS, VS, HvB Administration du projet : KS, EMS, VS, HvB Supervision : EMS, VS, HvB Rédaction – Première ébauche : ASG-R., HA, Rédaction HvB – Révision et édition : ASG-R., HA, JMC, FKEMS, VS, HvB

Correspondance avec Emilia Mia Sordillo, Viviana Simon ou Harm van Bakel.

L'école de médecine Icahn du mont Sinaï a déposé des demandes de brevet concernant les tests sérologiques du SRAS-CoV-2 (numéros de demande provisoire aux États-Unis : 62/994,252, 63/018,457, 63/020,503 et 63/024,436) et le SARS-CoV basé sur le NDV -2 vaccins (US Provisional Application Number : 63/251,020) qui citent Florian Krammer comme co-inventeur. Viviana Simon est également répertoriée sur la demande de brevet d'essai sérologique en tant que co-inventeur. Des demandes de brevet ont été déposées par l'école de médecine Icahn du mont Sinaï. Mount Sinai a créé une société, Kantaro, pour commercialiser des tests sérologiques pour le SRAS-CoV-2. Florian Krammer a été consultant pour Merck et Pfizer (avant 2020), et est actuellement consultant pour Pfizer, Third Rock Ventures, Seqirus et Avimex. Le laboratoire Krammer collabore également avec Pfizer sur des modèles animaux du SARS-CoV-2. Robert Sebra est actuellement consultant rémunéré et actionnaire de GeneDx.

Nature Communications remercie Stéphanie Longet et le(s) autre(s) relecteur(s) anonyme(s) pour leur contribution à la relecture par les pairs de ce travail. Un dossier d'examen par les pairs est disponible.

Note de l'éditeur Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

Libre accès Cet article est sous licence Creative Commons Attribution 4.0 International, qui permet l'utilisation, le partage, l'adaptation, la distribution et la reproduction sur n'importe quel support ou format, à condition que vous accordiez le crédit approprié à l'auteur ou aux auteurs originaux et à la source, fournissez un lien vers la licence Creative Commons et indiquez si des modifications ont été apportées. Les images ou tout autre matériel tiers dans cet article sont inclus dans la licence Creative Commons de l'article, sauf indication contraire dans une ligne de crédit au matériel. Si le matériel n'est pas inclus dans la licence Creative Commons de l'article et que votre utilisation prévue n'est pas autorisée par la réglementation légale ou dépasse l'utilisation autorisée, vous devrez obtenir l'autorisation directement du détenteur des droits d'auteur. Pour voir une copie de cette licence, visitez http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

Réimpressions et autorisations

Gonzalez-Reiche, AS, Alshammary, H., Schaefer, S. et al. Évolution intra-hôte séquentielle et transmission ultérieure des variantes du SRAS-CoV-2. Nat Commun 14, 3235 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-38867-x

Télécharger la citation

Reçu : 07 octobre 2022

Accepté : 16 mai 2023

Publié: 03 juin 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s41467-023-38867-x

Toute personne avec qui vous partagez le lien suivant pourra lire ce contenu :

Désolé, aucun lien partageable n'est actuellement disponible pour cet article.

Fourni par l'initiative de partage de contenu Springer Nature SharedIt

En soumettant un commentaire, vous acceptez de respecter nos conditions d'utilisation et nos directives communautaires. Si vous trouvez quelque chose d'abusif ou qui ne respecte pas nos conditions ou directives, veuillez le signaler comme inapproprié.